伊朗的阿富汗难民问题同样是困扰伊朗的一个大问题。20世纪70年代以来，阿富汗国内局势持续动荡，连年战乱和频发的自然灾害不仅造成了大量人员伤亡，也使大批民众纷纷逃往国外。作为阿富汗的邻国，伊朗和巴基斯坦相对安全和稳定，于是成了绝大多数阿富汗难民的终极目的地。同巴基斯坦一样，随着大量阿富汗人的到来，伊朗的阿富汗难民问题也由此产生。虽然差不多40年过去了，阿富汗的重建也早已在进行中，经过民主选举的阿富汗新政府也已经运行达15年，但由于阿富汗国内始终没有实现预期的和平与安全，经济发展滞后，失业率奇高，导致大量滞留在伊朗的阿富汗难民始终不愿返回母国。据联合国难民署(UNHCR)统计，截止2015年12月，滞留在伊朗的持证阿富汗难民多达95万，[注]居住在伊朗境内没有证件的阿富汗流动人口的数量则远远高于这个数字。据伊朗内政部(Ministry of Interior)估计，实际生活在伊朗境内的阿富汗人可能多达300万。[注]尽管伊朗是1951年联合国《难民公约》和1967年联合国《难民新公约草案》的签字国，伊朗有义务为因阿富汗国内局势动荡所造成的难民提供庇护，但是，这些大量且长期滞留伊朗的阿富汗难民给伊朗带来了沉重的经济负担与日益明显的安全挑战。
联合国难民署在2011年的全球报告中指出，由于不断恶化的经济环境给收留大量难民的伊朗带来诸多困难。[注]由于受到西方国家的制裁，伊朗经济每况愈下，国内失业人口、特别是年轻人的失业率不断增长，加之，由于与西方社会的对抗，来自于外界的难民援助资金极为有限，收留难民所需的大部分开支落在伊朗政府头上。据伊朗官方人员透露，伊朗政府每年花费在难民事业上的资金就达20亿美元。[注]由于经济环境的恶化，伊朗的社会安全环境不断恶化，暴力犯罪不断上升，人们纷纷将这些问题与大量存在的阿富汗难民联系在一起，从而引发了大众对阿富汗难民的仇恨，暴力袭击、伤害甚至抢杀难民等的恶劣行径时有发生。2016年4月9日，一名年仅6岁的阿富汗女孩被一名伊朗少年残忍虐杀就是一个典型的例子。[注] 另外，由于伊阿漫长的边境，利用大量往来于伊朗的阿富汗难民走私毒品成为不少毒品贩子理想的贩毒方式。大量非法、流动、无业阿富汗难民的存在，也给伊朗的社会安全带来诸多挑战。2015年9月19日，一名23岁的法国女游客在德黑兰北部的发拉扎德(Farahzad)山遭到4名阿富汗人的抢劫和强奸。[注] 由于伊朗在国际社会中相对孤立，其国内的安全问题也很少被外界所知，但从有限的新闻报道或研究报告中也可窥见伊朗的阿富汗难民问题不仅给其医疗体系和经济带来沉重负担，同时也给社会安全带来明显的挑战。
为了对难民问题进行有效的管理和争取国际社会在难民问题上的更多援助以减轻伊朗政府的负担及改善阿富汗难民的生活条件，伊朗政府曾经倡议全面合法化滞留在伊朗的阿富汗难民，[注]但并未获得国际社会的普遍支持。因此，最近几年伊朗以越来越强硬的姿态遣返阿富汗难民，但往往是一部分难民被遣返回阿富汗，而另一部分阿富汗人又通过非法手段进入了伊朗。[注]伊朗境内的阿富汗难民人数始终没有明显的变化，伊朗的阿富汗难民问题持续存在。
(三)水资源问题
伊朗和阿富汗两国的水争端由来已久，从19世纪开始，双方就在不断地努力试图解决两国的水争端，等到时机终于成熟时，两国在多方势力的斡旋下终于于1973年签订了《赫尔曼德河水条约》。水争端眼看着因该条约的签订将得到圆满解决，但是随之而来的苏联入侵阿富汗和伊朗的伊斯兰革命，使得该条约被搁置，两国的水争端没有得到实际的解决。自苏联入侵阿富汗到撤军阿富汗再到美国发动阿富汗战争及撤军阿富汗，差不多40年过去了，阿富汗仍然处于动荡和不安之中。伊朗解决两国水争端的愿望虽强烈，但囿于阿政局不稳且阿政府对源于其境内的水资源有更多的考虑，阿政府与伊朗就水资源问题谈判的意愿并不强烈，且为应对阿国内目前的安全危机而无暇顾及水资源谈判事宜，这使得干渴的伊朗倍感安全危机。
随着气候的变迁，干旱在两国频频出现，水危机时常产生，加之两国人口的不断增长，对水的需求也不断增加，两国的水争端不再仅限于对赫尔曼德河水的分配和利用。同样对另一跨境河流哈里卢德河(Harrirud)水的分配和利用也产生了争端。赫尔曼德河和哈里卢德河分别发源于阿富汗境内喀布尔西北面的帕格曼山脉(Paghman Mountains)和阿富汗中部巴米扬境内的库赫·巴巴(Koh-e Baba)山区。赫尔曼德河流向伊阿两国的边界地区锡斯坦湿地(Sistan wetlands)，并止于伊朗的哈蒙湖区(Hamun Lakes)。赫尔曼德河水为约100万伊朗人提供工农业生产生活用水。[注]尽管1973年两国签订了就赫尔曼德河水的分配和使用的双边条约，但由于阿国内政局始终不稳定及随后发生的苏联入侵战争和内战，赫尔曼德河水条约的内容并未得以实施，双方对条约中的条款也存颇多争议。1998年，由于伊阿两国关系恶化，当时的阿富汗塔利班政权关闭了建在赫尔曼德河上的卡加克大坝(Kajaki Dam)水闸，大量阻断了流往伊朗锡斯坦-俾路支斯坦(Sistan-Balochistan)省的水流，从而导致该地区遭遇严重缺水危机。到了2002年，该地区又遭遇了史上最严重的干旱，缺水及干旱对该地区生态环境造成灾难性影响，哈蒙湖区的大量居民失去生计，最终不得不被迫迁徙。[注]由于无法获得水源补给，该地区正逐步呈荒漠化。
哈里卢德河流向与伊朗交界的西部和西北部，经伊朗再流入土库曼斯坦(Turkmenistan)。该河的河水在阿富汗赫拉特(Herat)地区被广泛用于农业灌溉，[注]在伊朗境内，则为340万人口提供生产生活用水。[注]阿富汗进入重建时期后，沿哈里卢德河上游兴建的萨尔玛大坝(Salma Dam)在停建若干年后于2006年继续修建。大坝一旦建成，赫拉特地区的农田灌溉面积将由原来的35000公顷提高到75000公顷，另还能年发电42兆瓦。[注]这将大大缓解阿富汗对伊朗及其他邻国电力供应的依赖。不过，这对伊朗而言却绝非好消息，因为它将使从阿富汗流向伊朗的水减少约73%，从而严重威胁到依赖哈里卢德河水系生存的伊朗人。这些人口的数量——其中包括伊朗圣城马什哈德(Mashhad)的居民——大约是阿富汗依赖这一水源生存人口的3倍。[注]萨尔玛大坝的建成将加剧伊朗的水危机，但由于两国在该河流的水分配和使用上没有签订任何的条约，所以，伊朗对此无计可施。